La colaboración del Doctorado en Ciencias Agropecuarias y Sustentabilidad (DOCAS) se establece mediante diversos mecanismos que promueve la Universidad Autónoma de Chiapas (UNACH) ya que ésta, ha sido garante para firmar convenios de colaboración en los que participan profesores del DOCAS, quienes incorporan estudiantes en sus actividades académicas y de investigación, beneficiando al sector productivo con las investigaciones de las tesis que realizan; de esta forma, el programa cuenta con tres principales fuentes de colaboración:

1. Con Instituciones del Sector Público y Privado. Se han firmado convenios de colaboración con diferentes representaciones de estos sectores, propiciando la oportunidad de plantear el desarrollo de propuestas que den respuesta a sus necesidades, mediante trabajos de investigación pertinentes. Se destaca el trabajo colaborativo que ha desarrollado con el Comité Estatal de Sanidad Acuícola de Chiapas AC (CESACH), con la empresa Nutripecuaria 3 Reyes, el Comité de Cuenca del Río Coatán en Tapachula y otras instancias de ayuntamientos municipales del estado de Chiapas, así como la Comisión Nacional de Áreas Naturales Protegidas CONANP, entre otras.
2. Con productores. Sin duda, la vinculación con productores resulta en una de las colaboraciones de mayor relevancia para estudiantes y académicos del DOCAS, ya que éstas han permitido que los estudiantes hagan aportaciones pertinentes y oportunas a este sector. Para lo anterior, promueve diversos acuerdos de colaboración con unidades de producción, así como con el sector social y productivo, a quienes se contribuye con cursos, talleres de capacitación con temáticas diversas y múltiples actividades encaminadas a la innovación tecnológica, enfocados, por ejemplo, a la producción de maíces criollos, así como el uso y conservación de animales de razas locales. Esto intrínsecamente genera la vinculación del DOCAS con asociaciones como Proagro Chiapas Sociedad de Producción Rural, Mujeres que desarrollan producción agropecuaria de traspatio, poblaciones que resguardan y trabajan recursos fito y zoogenéticos en diversas regiones de la entidad, incluyendo grupos campesinos de pueblos originarios a quienes no les resulta relevante la firma de convenios oficiales, más sí el trabajo la cooperación formal, basada en los hechos de apoyo mutuo, entre productores, profesores y tesistas.
3. Con instituciones educativas y de investigación internacionales y nacionales. El marco que brindan los convenios y acuerdos de colaboración con instituciones nacionales e internacionales, permite el desarrollo de proyectos conjuntos y la retroalimentación permanente, abriendo además la oportunidad de movilidad a profesores y estudiantes del DOCAS. En este sentido, se enumera algunas de las instituciones con las que se vincula: el Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria (INTA) de Argentina; Universidad de Matanzas, Universidad Cienfuegos y Universidad de GRANMA en Cuba; Universidad Miguel Hernández de España; Centro Agronómico Tropical de Investigación y Enseñanza (CATIE) de Costa Rica.

Los acuerdos y convenios nacionales en los que se vincula el DOCAS, son igual de importantes, refiriendo entre éstos al Colegio de la Frontera Sur (ECOSUR), Colegio de Posgraduados (COLPOS), Instituto Nacional de investigaciones Forestales, Agrícolas y Pecuarias (INIFAP), Universidad Autónoma Chapingo, Universidad de la Selva en Chiapas, Universidad de Ciencias y Artes de Chiapas y la Benemérita Universidad Autónoma de Puebla, entre otras instituciones. Lo anterior ha generado múltiples productos académicos como la publicación colaborativa de artículos en revistas indizadas, capítulos de libros y obras temáticas, así como el desarrollo de Estancias Académicas cruzadas, que permiten impartir o recibir cursos con valor curricular, capacitaciones técnicas o de especialización para las investigaciones de los estudiantes y de los profesores del DOCAS.