Con base en las fortalezas del Núcleo Académico y atendiendo la propuesta de mantener la sustentabilidad como eje transversal del programa, se proponen y describen las siguientes tres líneas de generación y aplicación del conocimiento (LGAC):

Recursos genéticos y biotecnología para la sustentabilidad agropecuaria

Implica el estudio de microorganismos, plantas y animales de importancia en las ciencias agropecuarias, en sus aspectos moleculares, taxonómicos, ecofisiológicos, bioquímicos y genéticos, y sus aplicaciones para el desarrollo agropecuario sustentable.

Manejo sustentable de recursos naturales

Esta línea atiende la generación y aplicación de conocimiento en el manejo, conservación y aprovechamiento sustentable de los recursos naturales del trópico. Aborda las interacciones ecológicas de tales recursos, incluidos la sociedad humana y sus valores.

Tecnología e innovación para el desarrollo rural sustentable

Esta línea atiende la generación, aplicación y difusión de conocimientos para el desarrollo rural sustentable de la región tropical. Comprende los ámbitos del ordenamiento territorial, el extensionismo alternativo y la investigación participativa, adaptativa, orientada a la acción, para el manejo sustentable de los recursos naturales en los sistemas de producción.